Những người xuyên Tết tìm biến thể Omicron

Xuyên hai mùa Tết Nguyên đán, những kỹ thuật viện của Viện Pasteur TP.HCM vẫn miệt mài với việc giải trình tự gene SARS-CoV-2.

Ca nhiễm biến thể B.1.1.7 hay Omicron đầu tiên của TP.HCM đã được họ khám phá.

Ngày 24/1, Bà Rịa-Vũng Tàu ghi nhận ca Covid-19 nhiễm biến thể Omicron đầu tiên. Cùng thời điểm, tỉnh Lâm Đồng được thông báo về ca nhiễm biến thể Omicron trên địa bàn. Tối 23/1, Bình Dương nhận kết quả giải trình tự gene cho thấy một người nhập cảnh đã nhiễm biến thể siêu lây lan…. Tất cả các thông tin trên xuất phát từ một phòng thí nghiệm trong Viện Pasteur TP.HCM.

Tìm biến thể cho 20 tỉnh thành

Sự tập trung cao độ ở phòng xét nghiệm thuộc khoa Vi sinh miễn dịch, Viện Pasteur TP.HCM diễn ra ngay cả trong những ngày giáp tết.

Đây là nơi nhận nhiệm vụ thực hiện giải trình tự gene giám sát biến thể Omicron cho 20 tỉnh thành phí Nam. Một áp lực không hề đơn giản! Bên trong căn phòng ấy, mọi khái niệm về ngày tết, ngày lễ không còn tồn tại.

Một công đoạn trong giải trình tự gene tại Viện Pasteur TP.HCM.

“Tròn 1 năm trước, ngày 29, 30 Tết mẫu bệnh phẩm vẫn ùn ùn đổ về. Chúng tôi chạy hết công suất hỗ trợ TP.HCM giám sát biến thể ở ổ dịch tại sân bay Tân Sơn Nhất (chùm ca bệnh ở tổ bốc xếp). Áp lực vô cùng.

Khi đó, chúng ta vẫn đang thực hiện chiến lược Zero Covid nên số mẫu lấy rất lớn. Nhưng năm nay, mọi thứ đã khác đi đáng kể”, Thạc sĩ Cao Minh Thắng, Phó trưởng khoa Vi sinh Miễn dịch, Viện Pasteur TP.HCM chia sẻ.

Tháng 11/2021, biến thể Omicron xuất hiện tại Nam Phi. Bộ Y tế đã nhanh chóng có công điện gửi các địa phương về việc thực hiện nghiêm việc tổ chức quản lý người nhập cảnh theo quy định, điều trị kịp thời, thực hiện giải trình tự gen nhằm phát hiện kịp thời biến thể mới của virus.

Công việc trên được bắt đầu từ khi SARS-CoV-2 xuất hiện, nhằm đánh giá và định hình tốt hơn bức tranh dịch tễ Covid-19 trên địa bàn. Ngày 31/12/2021, Viện Pasteur TP.HCM đã phát hiện 5 ca nhiễm biến thể Omicron đầu tiên tại TP thông qua kết quả giải trình tự gene.

5 ca nhiễm biến thể Omicron đầu tiên tại TP.HCM do Viện Pasteur TP giải trình tự gene phát hiện.

Tại TP.HCM, nhiệm vụ này do Đơn vị nghiên cứu lâm sàng Đại học Oxford (phối hợp cùng Bệnh viện Bệnh nhiệt đới) và Viện Pasteur đảm nhận. Ngoài ra, Viện Pasteur cũng phụ trách giám sát cho 20 tỉnh thành phía Nam. Đói tượng là các ca nhiễm nhập cảnh và ca cộng đồng có yếu tố dịch tễ.

Theo thạc sĩ Cao Minh Thắng, hàng tuần, các tỉnh sẽ chuyển mẫu bệnh phẩm SARS-CoV-2 về Viện Pasteur theo lịch cố định, khi đủ cỡ mẫu sẽ tiến hành. Nhờ đó, hóa chất sinh phẩm được sử dụng tiết kiệm, phù hợp trong khi vẫn đảm bảo được hiệu quả công việc.

Chị Phạm Thị Thu Hằng, thành viên nhóm cho biết, giải trình tự gene SARS-CoV-2 được thực hiện bằng phương pháp giải trình tự thế hệ mới trên hệ thống máy Miseq illumina. Nhóm sẽ xác định được chủng SARS-CoV-2 nào đang lưu hành trong khu vực cũng như đột biến và hướng tiến hóa của các chủng này, phục vụ cho công tác phòng chống dịch và giám sát dịch tễ học phân tử virus..

“Đây là công việc hàng ngày. Tuy nhiên, đôi khi để phục vụ điều tra dịch tễ học các ca khẩn cấp, nhóm phải tăng cường trong ngày Tết Nguyên đán để có kết quả sớm nhất”.

Giải trình tự gene là kỹ thuật cao, từng áp dụng với bệnh Zika và Sốt xuất huyết.

Chị nhớ lại, tròn 1 năm trước, khi biến thể B.1.1.7 xuất hiện ở châu Âu và Việt Nam cũng có ca nhập cảnh từ nước vùng dịch. Nhóm đã khẩn trương lấy mẫu và giải trình tự cả ngày lẫn đêm. Nhờ đó, ca nhiễm chủng B.1.1.7 đầu tiên vào Việt Nam đã được phát hiện và báo cáo Bộ Y tế để có các biện pháp can thiệp kịp thời.

Ngày 31/12/2021, kết quả giải trình tự gene các ca F0 nhập cảnh đang cách ly tại TP.HCM cho kết quả có 5 trường hợp nhiễm biến thể Omicron. Ngay khi nhận được thông báo này của Viện Pasteur, TP.HCM đã bước sang kịch bản mới. Người dân nâng cao cảnh giác và 5K triệt để hơn cho một cái Tết yên bình.

Tết không nghỉ

Sau thời gian chống dịch khốc liệt, Viện Pasteur đã hình thành được đội hình các kỹ thuật viên giàu kinh nghiệm, sẵn sàng đáp ứng trong mọi tình huống. Trong khoảng 3-5 ngày, sẽ có kết quả biến thể của virus. Mỗi tuần, có từ 10-50 mẫu của 20 tỉnh thành cần xử lý.

Lý giải độ chênh lệch trên, thạc sĩ Cao Minh Thắng cho biết, trường hợp phải giải trình tự gene của các tỉnh không cố định, cần sàng lọc và phải có yếu tố dịch tễ (với ca cộng đồng). Viện hiện có 3 đội phản ứng nhanh với tối đa 7 người/ đội.

Khó khăn nhất hiện nay là sinh phẩm hóa chất vẫn khan hiếm. Viện Pasteur TP.HCM hiện nhận được hỗ trợ nhiệt tình của các tổ chức quốc tế về sinh phẩm để thực hiện nhiệm vụ giám sát chủng virus trong nước.

“Đây là một kỹ thuật cao, đòi hỏi những thiết bị chuyên dụng, các sinh phẩm hóa chất đắt tiền. Các kỹ thuật viên luôn cố gắng để tiết kiệm nhất nhưng vẫn đáp ứng được yêu cầu về phòng chống dịch”, thạc sĩ Thắng thẳng thắn chia sẻ.

Một số ca nhiễm cộng đồng nếu có yếu tố dịch tễ cũng được giải trình tự gene.

Trong khi đó, với chị Thu Hằng, có những thời điểm chị và đồng nghiệp vừa phải giải trình tự, vừa làm xét nghiệm thường quy, vừa nghiên cứu khoa học, rất căng thẳng. “Mình hiểu đây là công việc cần thiết và có ích cho cộng đồng, các thành viên trong nhóm đã luôn động viên nhau, cùng nhau hoàn thành nhiệm vụ”, chị Hằng mỉm cười.

Giai đoạn chống dịch hiện tại, Việt Nam đã chuyển sang chiến lược thích ứng an toàn, nên lực lượng chống dịch, trong đó có đội ngũ xét nghiệm, cũng giảm đi áp lực đáng kể.

“Tết Nguyên đán năm nay, các đội thay phiên nhau trực xuyên Tết, vừa hoàn thành nhiệm vụ nhưng cũng vừa có thời gian bên gia đình, người thân. Tâm thế đã nhẹ nhàng hơn nhiều so với một năm trước”, thạc sĩ Thắng cho hay.

Theo thạc sĩ Cao Minh Thắng, TP.HCM đã phủ vắc xin Covid-19 rất cao và đang tiêm mũi 3 cho người dân. Tỷ lệ mắc và diễn tiến lâm sàng khá nhẹ, giúp người bệnh cũng giảm đi lo âu, áp lực. TP đã có kinh nghiệm trong việc phân luồng, điều trị. “Tuy nhiên, giải trình tự gene giám sát chủng virus vẫn phải thực hiện không ngừng dù có tết hay không tết”, chị cho hay.

Sở Y tế TP.HCM mới đây cho biết, trong thời gian tới, khi biến thể Omicron xuất hiện nhiều hơn thì việc giải trình tự gene có thể sẽ chuyển sang hình thức lấy mẫu ngẫu nhiên. “Hiện nay áp lực phải trả kết quả trình tự gene trong 4 ngày là thách thức rất lơn của ngành y tế”, đại diện Sở Y tế chia sẻ.

Giám sát phát hiện các biến chủng SARS-CoV-2 được xem là công cụ không thể thiếu trong công cuộc chống đại dịch Covid-19. Tiến sĩ, bác sĩ Nguyễn Văn Vĩnh Châu, Phó giám đốc Sở Y tế TP.HCM phân tích, việc biết được chủng nào đang lưu hành là một câu hỏi quan trọng để đối phó với mọi tác nhân gây dịch bệnh, không chỉ Covid-19.

Hiện nay, tất cả người nhập cảnh vào TP.HCM được xét nghiệm ngay tại sân bay Tân Sơn Nhất và giải trình tự gene nếu dương tính. Tính đến ngày 28/1, TP.HCM có tổng cộng 92 ca nhiễm biến thể Omicron. Trong đó có 5 ca cộng đồng (liên quan đến 1 ca nhập cảnh) và 87 ca nhập cảnh. Về triệu chứng, 6 trường hợp triệu chứng nhẹ, 1 trường hợp lớn tuổi và có nhiều bệnh nền còn lại đều khỏe mạnh.